A causa dei terribili terremoti che investirono e devastarono il territorio prima nel 1695, poi negli anni 1755 e 1759, i Frati Minori furono costretti ad abbandonare la loro Chiesa in località S. Francesco vecchio (Belvedere di oggi) e nel 1765 iniziarono a costruire una nuova chiesa e un nuovo convento, in vocabolo Calvario, nella collina ad occidente di Bagnoregio. Così, dopo una decina di anni, nel 1774 andarono ad abitare il nuovo convento. La chiesa, invece, richiese più tempo e fu aperta al culto nel 1803 e consacrata nel 1852. Fu costruita ad unica navata, a croce latina capovolta per soddisfare le necessità del nuovo progetto che includeva il passaggio della strada, non davanti alla chiesa, come oggi, ma dietro di essa. La chiesa all’interno, nella parete di destra, presenta una cappella con una pala raffigurante il Beato Andrea; di seguito un’altra cappella con pala del Cristo in Croce ed infine la cappella con la statua di S.Antonio da Padova. Nella parete di sinistra la cappella con il simulacro in gesso di S.Francesco; poi una pala che riproduce la Vergine Immacolata, infine la pala con S. Giuseppe da Copertino. Nel presbiterio l’altare maggiore in pregevoli marmi policromi e al centro, dietro il coro, la pala rappresentante il miracolo della guarigione di San Bonaventura. A sinistra del presbiterio una cappella dedicata a S. Bonaventura, eretta nel 1847 con le pietre residue della casa del Santo, a Civita. All’interno una scritta ricorda la costruzione e la provenienza del materiale utilizzato.
